下館駅の南口の駅舎には、関東鉄道の文字が壁に見える。南口の管理は関東鉄道が担っているようだが、JRも真岡鐵道も同じ改札から入出場できる。改札口は二階部分にあり、改札にはラッチも残されており、簡易Suicaリーダーも同時に設置されている。北口も同様だが、駅建屋の改札口に設置されているSuicaリーダーは対JRのもので、関東鉄道の入出場は関東鉄道の5・6番ホーム上の改札の、またIC非対応の真岡鐵道の入出場は1番ホームの出入口のSuicaリーダーで対応する。
JR水戸線の4番線ホームから撮影。5番線ホームには関東鉄道の単行の気動車(形式確認を忘れた)が停車している。
駅舎の側面には「守谷・水海道・下妻方面のりば」と書かれている。しかし起点の“取手”が書かれていないのはなぜだろう。調べてみると、現在「守谷」と書かれている部分はかつて“取手”と書かれていたようだ。「守谷」に書き換えられたのは、つくばエクスプレスとの連絡をアピールしたかったのだろうか。
4番線と5番線の間には2本分の線路の敷地があるが、2本とも中途半端に線路が剥がされている。ちなみに水戸線と常総線の線路は友部側で繋がっており、関東鉄道への新車納品などに使用されているとのこと。