駅名の由来となった高蔵寺は平安時代から続く歴史のある寺院とのこと。駅の北東にあり、駅からも徒歩圏内にある。
駅南口の様子。一見高架駅のように見えるが、駅北側は線路の位置と地面が同じなので、どうも斜面か窪地に造られた駅のようである。ロータリーになっている南口はホームの位置からは下がったところにある。ホームの階下にある駅施設や商店はまたそこから少々下がったところにある。そのためか、大雨が降るとホーム階下が浸水することがあるらしい。
構内は島式ホーム3面が用意されているが、4番線に相当する場所には線路が敷かれておらず、欠番となっている。ホームの基本的な使い分けは、(営業上の)中央線下り列車(中津川方面)は5･6番線、中央線上り列車(名古屋方面)は2･3番線、愛知環状鉄道は1番線となっている。ただ高蔵寺折り返しとなる上りの一部の列車が5番線を使用しているため、上り列車は2･3･5番線と3つの異なる島式ホームを使用していることになる。私鉄なら引き上げ線を造り、島式1面の両側で同じ方面の列車を発着させるところだが、このあたりはいかにも国鉄→JRっぽい。
駅を出発する[快速]列車。路線として名古屋方面が下りなのだが、営業上は名古屋方面が上りとなっている。これは国鉄時代からそのようになっているわけだが、いつから始まったものかはよく判らない。現行の営業上の上下方向であれば、直通も多い篠ノ井線方面と上下が揃うので都合がいいのだろう。でもその一方で東海道本線(大阪方面)とは上下方向が揃わないことになる。
◆写真の列車情報◆ 211系 海シンK109[3輛:写真先頭はクハ211-5018](ほか系式・輛数未確認の編成併結) 定刻1231発(数分遅発) 2600M[快速]瑞浪→名古屋